1661 年，在中國戰場上的鄭成功節節敗退。清國的軍隊逐步南下。一個漢人通事何斌，是當時荷屬福爾摩沙的墾民，犯罪後，逃至廈門，進而投靠鄭成功，何斌跟鄭成功獻策，拿下台灣。
​
鄭成功接受了。大員地區是他父親曾短暫待過的地方，台灣對於已經名存實亡的大明政權，來說是再適合不過的戰略位置。鄭成功統領軍隊於廈門啟航，向大員進發。
​
#謠言與恐慌
​
鄭成功要攻打大員的消息，已經擴散到整個東亞。荷蘭統治下，現今位於台南的普羅民遮城內更是人心惶惶。整個大員地區的荷蘭軍隊陷入恐慌而不安的狀態。
​
根據普羅民遮城長官貓難實叮（Jacobus Valentyn）的日記提到「東印度公司以目前的能力能守住，熱蘭遮城那幾門雄偉的大砲防禦能力足夠。如果鄭成功撐過了第一波砲擊，我們還有巴達維亞的援軍。」
​
台江內海十分廣大，能容納國姓爺的艦隊。視線再拉遠一點，扼守在大水道入口的旁邊，就是熱蘭遮城；另一邊則是鹿耳門水道。那裡只能勉強讓一個小船通過。
​
大員對東印度公司來說，是個盈利效率很高的殖民地，擁有無數的賺錢方法和易守難攻的地形。大員是東印度聯合公司，在亞洲的最大殖民地，也是荷蘭聯合王國最賺錢的一頭好乳牛。對於東印度公司來說，自然是不會輕易讓給鄭成功的。
​
#熟練的海盜技巧
​
西元 1661 年，永曆十五年三月二十三日，鄭成功從金門出發前往大員，統領 300 艘軍艦，幾天後，艦隊繞過澎湖。運氣站在國姓爺這邊，前幾日的壞天候，剛好讓海面的水氣增加，岸邊起了大霧，正好給鄭成功的軍隊提供了極佳的掩護。
​
#鹿耳門突襲
​
1661 年 4 月 30 日，清晨的濃霧覆蓋整個台江內海，普羅民遮城失去視線，完全看不到熱蘭遮城的影子。時間正好是農曆初一，海水漲的很高。國姓爺的軍隊向鹿耳門水道逼近，趁著難得的大潮一舉進攻。
​
日照讓濃霧逐漸散去，貓難實叮意識到大事不妙，遠方的船艦個個懸掛白旗。貓難實叮下令寫信給在內海那測的台灣長官揆一。早上十點，根據當時的史料記載；「霧散了，鹿耳門水道外的桅竿已成為了一片森林」。也就是說，軍令傳遞已經來不及了。
​
大潮漫過沙洲，正好讓鄭成功的船艦能夠通過的。軍隊轉動帆向，讓風對準正東與船身垂直。東印度公司的軍隊只能眼睜睜看著鄭成功的軍隊侵入內海。
​
揆一的回信寫道：「貓難實叮，你盡力阻止鄭成功登陸赤崁，尤其不能讓他登陸大員市街，我去幫你找救援」根據記載熱蘭遮城內陷入慌亂，甚至還有幾個偷偷溜走的士兵。揆一在後來的日記中寫道：「...在之前就和巴達維亞總部說過要增兵了，沒給什麼回應，現在鄭成功來了，事情變得棘手了...」
​
揆一下令士兵馳援普羅民遮城，但已經來不及了，朔月的退潮來的又急又猛，馳援的小船悉數擱淺，士兵跳下船，又被爛泥拖住行動。發兵近200人，實際抵達普羅民遮城的，只剩下少少的60人部隊而已。
​
貓難實叮下令採取焦土政策，放火燒了大員市街的糧倉，讓鄭成功的軍隊拿不到任何的糧食，想要把敵軍活活餓死在內海上。戰爭逐步白熱化，從苦戰成為惡戰。
​
#佔領赤崁
​
鄭成功攻入內海，且成功控制了普羅民遮城和熱蘭遮城的道路，所有的書信往來全部斷聯，貓難實叮也知道，普羅民遮城的陷落，只是早晚的問題。
​
5 月 4 日早上，在經過大員評議會後。貓難實叮決議投降，決定保有最後一絲尊嚴。領著兒童、婦女、奴隸等撤出城外，被安置在大員市街。
​
自此，鄭成功完全控制赤崁地區，成功踏上台灣這座島嶼。鄭成功在之後的圍城戰進展順利，就原住民或是原本的台灣住民角度來看，鄭成功的佔領，只是台灣另一個外來政權。